La historia del Señor y la Virgen del Milagro se remonta a los tiempos  del primer obispo.

El 16 de Abril de 1582, día de la fundación de Salta, junto a Hernando de Lerma se encontraban entre otras personas el Obispo Fray Francisco de Victoria, quien era obispo de Tucumán.

Terminado su mandato pastoral, ya en España, envió a América dos imágenes; una de nuestra Señora del Rosario para los padres Dominicos de la ciudad de Córdoba, y la otra con un Señor Crucificado para la iglesia Matriz de la ciudad de Salta.

El 19 de Julio de 1592, en el puerto de Callao (Peru), aparecen flotando dos cajones. Al ser revisados, se encuentran dos imágenes que eran enviadas por el antiguo Obispo de Tucumán.

Una vez transportadas en procesión hasta Lima, la capital de Peru, las autoridades deciden cumplir con la voluntad del Obispo Fray Francisco de Victoria, y las imágenes son cargadas en sendos mulares y transportadas por el viejo Camino del Inca, dejando en Salta el Cristo correspondiente y continuando la peregrinación con destino a la ciudad de Córdoba.

Después de un solemne Oficio religioso, ubicaron la imagen del Cristo Crucificado en el Altar de las Animas y allí fue olvidado por un siglo entero. Después de 100 años de la llegada de la imagen a Salta, exactamente el 13 de setiembre de 1692, un gran temblor a las 10 de la mañana, sacude Salta, y la ciudad de Esteco, esta ultima se hundió, quedando totalmente arruinada. 

La imagen de la Virgen, que según la tradición, es la de la Pura y Limpia Concepción, ya estaba en Salta, y pertenecía a una familia ya asentada en estos solares. Esta familia celebraba la fiesta de la Natividad de la Virgen Maria (8 de setiembre) llevando la imagen a la Iglesia Matriz.

Providencialmente, esta vez la imagen quedo en el templo unos días más. La imagen ocupaba el nicho superior del altar y con el temblor se encontró a los pies del Cristo en actitud orante que se interpreto de suplica e intersección por el pueblo. Desde allí toma el nombre de Nuestra Señora de los Milagros. Al acercarse a la imagen, contemplaron con asombro que el rostro de la Virgen cambiaba de colores, tendiendo del pálido de la aflicción, al sereno de su gozoso consuelo y afán de amparo e intercesión.

Uno de los Padres de la Compañía de Jesús, el padre José Carrión, afligido por la situación sintió una voz que con toda claridad le decía «mientras no sacasen al Santo Cristo, no cesarían los terremotos». El sacerdote se dirigió urgentemente a comunicar el mensaje recibido. Una vez que entraron al templo, contemplaron a la imagen, que con dificultad pudieron bajar, acomodándola en unas andas que sirvieron para sacarla al atrio de la derruida iglesia. El pueblo acudió al Templo con antorchas encendidas, contemplando admirados la imagen del Crucificado.

Las campanas llamaron a penitencia, invitando a la primera procesión, a la cual acudieron las autoridades civiles, militares y pobladores, presididos por los sacerdotes.

Allí tiene inicio la mas hermoso tradición religiosa que une cada setiembre a todos los salteños en torno de sus Patronos Tutelares en una herencia espiritual que se conserva incólume al paso de los siglos y que tiene su máxima expresión cada quince de dicho mes en la procesión que congrega a peregrinos de todas las latitudes.

La procesión es la culminación de los nueve días de novenario que dan comienzo el 6 de setiembre, si bien prácticamente un mes antes, las Sagradas Imágenes son expuestas a la veneración del pueblo.
El novenario contiene tres días dedicados, el 13 de setiembre a la natividad de Maria.

Coronación de las imágenes

En 1902, por iniciativa y pedido del Obispo de la Diócesis de Salta Monseñor Matías Linares, el Papa León XIII concede la coronación pontificia de las imágenes del Milagro. El 13 de septiembre en presencia de altas autoridades de la Iglesia venidas desde Roma, autoridades de la nación y obispos argentinos se corona al Señor y la Virgen del Milagro.

La corona de oro de la Virgen del Milagro y Diadema del Señor fueron obsequiados por fieles salteños en septiembre de 1902.